Траву горца перечного собирают во время цветения. Облиственные цветущие части растения срезают на высоте до 4-5 см от поверхности почвы, оставляя грубые нижние части стеблей. Для возобновления зарослей горца перечного необходимо оставлять хотя бы один хорошо развитый его экземпляр на каждый 1 м заросли.
Траву горца сушат, разложив тонким слоем, в хорошо проветриваемом помещении или на открытом воздухе в тени. Лучше сушить сырьё в сушилках с температурой не выше 40-50° С.
Готовое сырьё состоит из облиственных стеблей длиной до 45 см с цветками и плодами различной степени развития. Запах отсутствует. Вкус жгучий, при сушке не исчезает. Готовое сырьё упаковывают в мешки и хранят в сухом, защищенном от солнечного света, проветриваемом помещении. Срок годности 2 года.
Применение водяного перца, экстракта для лечения домашних и сельскохозяйственных животных.